A guerra de independência na Guiné começou em 23 de janeiro de 1963, com o início das acções de guerrilha na região de Tite. Ao contrário do que aconteceu em Angola, desde o início que as forças portuguesas constataram estar diante de um adversário bem organizado e militarmente eficiente. De facto, o PAIGC dispôs sempre de equipamento de qualidade e do apoio quase total do governo da Guiné-Conacri, que lhe conferia total liberdade de movimentos para empreender acções de guerrilha na fronteira sul do território.
Nos primeiros anos de guerra, a iniciativa pertenceu às forças do PAIGC, limitando-se as forças portuguesas a defender-se dentro dos seus aquartelamentos ou a responder às acções inimigas com operações de grande envergadura, mas de dúbia eficácia operacional.
Quando a Guerra começou, em janeiro de 1963, havia já quase dois anos que as forças portuguesas combatiam, com relativo sucesso, em Angola. Este facto permitiu às autoridades portuguesas prevenirem de certa forma a possível eclosão de acções de guerrilha em Moçambique e na Guiné. Assim, quando a guerra chegou à Guiné, a guerrilha deparou-se com um dispositivo militar português que abrangia todo o território. Este dispositivo baseava-se em 7-8 batalhões do Exército Português dispostos em quadrícula. Essencialmente, cada batalhão ocupava um sector, que se subdividia em zonas de acção (ZA). Essas ZAs eram ocupadas por companhias que, apesar de integradas em batalhões, actuavam com grande autonomia logística e operacional. O objectivo destas companhias era privar o inimigo do contacto com as populações, e manter "limpa" a sua ZA. A busca e destruição do inimigo estava a cargo de forças de intervenção especializadas nessas acções (golpes de mão, acções de limpeza, etc.)- Páraquedistas, Comandos, Fuzileiros, etc.
Em 1963, o efectivo das forças do Exército Português destacadas na Guiné ascendia a 10 mil homens, que eram apoiados por meios aéreos estacionados em Bissalanca (no AB 2, depois BA 12), que incluíam 8 caças-bombardeiros F-86F.
Foram nas Colinas de Boé que foi feita a proclamação da independência da Guiné-Bissau, realizada a 24 de Setembro de 1973, em Lugadjol.[3]
Em 1974 Portugal reconheceu a independência de Guiné Bissau.
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